Een nieuwe methode om de code van het DNA te kraken, brengt ook betrouwbaar aanpassingen aan de buitenkant van het DNA in kaart. Die chemische aanpassingen zorgen dat genen aan of uit worden gezet, en dat heeft invloed op bijvoorbeeld een ontwikkelingsstoornis. Vergelijking van die aanpassingen tussen patiënten leidt tot een nauwkeurigere diagnose. Het Radboudumc gebruikt deze methode sinds november als eerste ziekenhuis wereldwijd op grote schaal en als eerste keuze in de kliniek.
Een fout in het DNA kan een ontwikkelingsstoornis veroorzaken. Artsen speuren daarom naar afwijkingen in de code die staat beschreven in het DNA. Maar niet alleen die code is belangrijk, ook aanpassingen aan de buitenkant van het DNA geven veel informatie. Zo kan het DNA gemethyleerd zijn. Dat betekent dat er bepaalde chemische groepen aan het DNA hangen, die zorgen dat het DNA niet kan worden afgeschreven. Een fout in een gen kan niet alleen leiden tot een ontwikkelingsstoornis, maar ook tot veranderingen van die methylering.
Bij twijfel over de diagnose op basis van de DNA-code alleen, analyseren artsen daarom al regelmatig deze aanpassingen aan het DNA. Maar dat is momenteel een omslachtig proces; de code van het DNA wordt al in meerdere ziekenhuizen gekraakt, maar voor de mate van methylering moet een apart onderzoek worden aangevraagd dat alleen specialistische centra uitvoeren.
Specifieke profielen
Nu blijkt uit onderzoek dat de modernste techniek om de code van het DNA te ontcijferen, ook direct, heel betrouwbaar en in feite gratis de methylering van het DNA in kaart brengt. Twee in één dus, en dat scheelt tijd en geld. Daarnaast geeft die extra info over de methylering in het DNA soms een nauwkeurigere diagnose.
Het Radboudumc is het eerste ziekenhuis wereldwijd dat deze techniek, zogenaamde long read sequencing, op grote schaal en als test van eerste keuze toepast in de kliniek. Eerder bleek al dat die methode een completer beeld geeft van de bouwstenen van het DNA, nu blijkt dus ook dat de methylering betrouwbaar in beeld komt. Hoogleraar Genoom Bioinformatica Christian Gilissen van het Radboudumc leidde dit onderzoek, dat gepubliceerd is in Genome Medicine.
Opvallende variant
'We zoeken met deze techniek in eerste instantie naar veranderingen in het DNA die een genetische ziekte veroorzaken', vertelt Gilissen. 'Maar we kunnen ook over het hele DNA heen subtiele verschillen in kaart brengen, van stukken die meer of minder gemethyleerd zijn. Zo ontstaan specifieke profielen die passen bij een bepaalde aandoening, we noemen dat episignatures. Je ziet dan puur aan het methyleringsprofiel van het DNA al dat er een DNA-verandering in een specifiek gen moet zitten.'
Maar als daar ook een fout in de code van het DNA aan ten grondslag ligt, waarom zou je dan nog een profiel willen zien van de aanpassingen aan de buitenkant van het DNA? Gilissen: 'Soms vinden we een opvallende DNA-verandering in een gen, maar weten we niet zeker of dat de ontwikkelingsstoornis veroorzaakt. Je kunt dan het methyleringsprofiel vergelijken met de profielen van andere patiënten, waarvan al bekend is dat ze de stoornis hebben. Dan zie je aan de methylering of de fout inderdaad de oorzaak is, of juist niet.' Zo wordt een diagnose nauwkeuriger.
Over de publicatie
Dit onderzoek is gepubliceerd in Genome Medicine: Genome-wide methylation detection and episignature analysis using PacBio long-read sequencing. V Ivashchenko, M Groot, R Derks, A den Ouden, G Khazeeva, S Heuvel, R Timmermans, JC Galbany, R Pfundt, T Hofste, H Yntema, L Vissers, A Hoischen, J Hampstead, C Gilissen. DOI: 10.1186/s13073-025-01506-9.
-
Meer weten over deze onderwerpen? Klik dan via onderstaande buttons door naar meer nieuws.
